Boris Becker war insgesamt dreimal verheiratet. Seine erste Ehe führte er von 1993 bis 2001 mit Barbara Becker, mit der er zwei Söhne, Noah und Elias, hat. Die zweite Ehe schloss er 2009 mit Lilly Becker (bürgerlich Sharlely Kerssenberg); diese Beziehung endete offiziell 2023 nach einer längeren Trennung seit 2018. Seine aktuelle und dritte Ehe besteht seit September 2024 mit Lilian de Carvalho Monteiro. Neben diesen drei Ehen hatte Becker zahlreiche öffentlich bekannte Beziehungen, unter anderem mit Angela Ermakova, der Mutter seiner Tochter Anna, sowie mehreren prominenten Frauen wie Sabrina Setlur, Sandy Meyer-Wölden und Caroline Rocher.